บางครั้งจะสังเกตเห็นได้ว่า เมื่อใช้แปรงสีฟันผ่านไปได้ระยะหนึ่ง อาจจะเกิดคราบสีเหลืองหรือสีดำตามซอกขนแปรง ซึ่งสาเหตุที่ทำให้เกิดคราบเหล่านี้ไม่ได้เกิดจากความผิดปกติของยาสีฟันหรือ แปรงสีฟันที่ใช้อยู่ แต่นั่นเป็นสัญญาณที่บอกให้รู้ว่า ถึงกำหนดเวลาที่จะต้องเปลี่ยนแปรงสีฟัน หรือทำความสะอาดแปรงสีฟันได้ไม่สะอาดเพียงพอและไม่ได้ผึ่งให้แห้ง ยาสีฟันและเศษอาหารที่เหลือตกค้างอยู่บนแปรงสีฟันจะกลายเป็นแหล่งอาหารของ เชื้อโรคที่สะสมอยู่บนแปรงสีฟันประกอบกับความชื้นของขนแปรงที่เปียก ทำให้เชื้อโรคเจริญเติบโตได้ง่าย ดังนั้น นอกจากการเลือกยาสีฟันที่มีคุณภาพและปลอดภัยแล้ว การดูแลทำความสะอาดแปรงสีฟันอย่างถูกต้องก็เป็นเรื่องสำคัญที่ควรให้ ความใส่ใจ ควรล้างแปรงสีฟันให้สะอาดและผึ่งให้แห้งทุกครั้ง เพื่อสุขภาพที่ดีของครอบครัว